La dirección de la Contraloría General de la República está a cargo de una contralora o un contralor general, quien será designado por la Presidenta o el Presidente de la República, con el acuerdo del Congreso de Diputadas y Diputados y de la Cámara de las Regiones en sesión conjunta, por la mayoría de sus integrantes en ejercicio.
La contralora o el contralor general durará en su cargo un periodo de ocho años, sin posibilidad de reelección.
Un Consejo de la Contraloría, cuya conformación y funcionamiento determinará la ley, aprobará anualmente el programa de fiscalización y auditoría de servicios públicos, determinando los servicios o programas que, a su juicio, deben necesariamente ser incluidos en el referido programa.
Los dictámenes que modifican la jurisprudencia administrativa de la Contraloría serán consultados al Consejo.